От юли 1998 г. E-класата има два модела с директно впръскване: Mercedes E 200 CDI и Mercedes E 220 CDI, които заменят Mercedes E 220. От юни 1999 г. и двата двигателя започват да се произвеждат с повишена мощност. Освен това стартира производството на Mercedes E 270 CDI и Mercedes E 320 CDI, които замениха Mercedes E 300 D през август 1999 г.
Модели автомобили Mercedes E-Class:
1. С дизелови двигатели:
- Mercedes E 200 CDI, Mercedes E 220 D и Mercedes E 220 CDI - 4-цилиндрови;
- Mercedes E 250 D, Mercedes E 270 CDI и Mercedes E 290 TD - 5 цилиндъра;
- Mercedes E 300 D и Mercedes E 320 CDI - 6-цилиндрови.
2. С бензинови двигатели:
- Mercedes E 200 и Mercedes E 230 - 4-цилиндрови, редови;
- Mercedes E 240, Mercedes E 280 и Mercedes E 320 - 6-цилиндров редови и V-образен;
- Mercedes E 420, Mercedes E 430, Mercedes E 50 AMG и Mercedes E 55 AMG - 8-цилиндрови, V-образни.
В областта на производството на двигатели Mercedes предлага високи технологии. Тук вече са познати 3- и 4-клапанови цилиндрови глави и напълно електронно управление на двигателя. Различните фази на синхронизация на клапаните се допълват от различни обеми смукателни тръби. Анализаторите на системата за смазване улесняват наблюдението на работата на двигателя и удължават периодите за смяна на маслото. И най-модерният дизелов двигател на Mercedes разполага с директно впръскване в комбинация с турбокомпресор и охлаждане на пълнителя.