Od júla 1998 má trieda E dva modely s priamym vstrekovaním: Mercedes E 200 CDI a Mercedes E 220 CDI, ktoré nahradili Mercedes E 220. Od júna 1999 sa oba tieto motory začali vyrábať so zvýšeným výkonom. Okrem toho bola spustená výroba Mercedes E 270 CDI a Mercedes E 320 CDI, ktoré nahradili Mercedes E 300 D v auguste 1999.
Modely áut Mercedes triedy E:
1. S dieselovými motormi:
- Mercedes E 200 CDI, Mercedes E 220 D a Mercedes E 220 CDI - 4-valec;
- Mercedes E 250 D, Mercedes E 270 CDI a Mercedes E 290 TD - 5-valec;
- Mercedes E 300 D a Mercedes E 320 CDI - 6-valec.
2. S benzínovými motormi:
- Mercedes E 200 a Mercedes E 230 - 4-valec, radový;
- Mercedes E 240, Mercedes E 280 a Mercedes E 320 - 6-valcový radový a v tvare V;
- Mercedes E 420, Mercedes E 430, Mercedes E 50 AMG a Mercedes E 55 AMG - 8-valec v tvare V.
V oblasti výroby motorov ponúka Mercedes špičkové technológie. 3- a 4-ventilové hlavy valcov a plne elektronické ovládanie motora sú tu už známe. Rôzne fázy časovania ventilov dopĺňajú rôzne objemy sacích potrubí. Analyzátory mazacieho systému uľahčujú monitorovanie výkonu motora a predlžujú intervaly výmeny oleja. A najmodernejší dieselový motor Mercedesu disponuje priamym vstrekovaním v kombinácii s turbodúchadlom a chladením plniaceho vzduchu.