Од јула 1998. Е-Класа је имала два модела са директним убризгавањем: Mercedes Е 200 CDI и Mercedes E 220 CDI, који је заменио Mercedes Е 220. Од јуна 1999. оба ова мотора почела су да се производе повећане снаге. Поред тога, почела је производња Mercedes Е 270 CDI и Mercedes Е 320 CDI, који је августа 1999. заменио Mercedes Е 300 D.
модели аутомобила Mercedes Е-класа:
1. Са дизел моторима:
- Mercedes E 200 CDI, Mercedes Е 220 Д и Mercedes E 220 CDI - 4-цилиндар;
- Mercedes E 250 D, Mercedes E 270 CDI и Mercedes E 290 TD - 5-цилиндар;
- Mercedes Е 300 Д и Mercedes E 320 CDI - 6-цилиндарски.
2. Са бензинским моторима:
- Mercedes Е 200 и Mercedes Е 230 - 4-цилиндрични, линијски;
- Mercedes Е 240, Mercedes Е 280 и Mercedes Е 320 - 6-цилиндарски редни и V-фигуративна представа;
- Mercedes Е 420, Mercedes Е 430, Mercedes Е 50 AMG и Mercedes Е 55 AMG - 8-цилиндарски, V-фигуративно.
У области мотороградње Mercedes нуди високу технологију. Главе цилиндра са 3 и 4 вентила и потпуно електронско управљање мотором су овде већ познати. Различите фазе дистрибуције гаса допуњују се различитим запреминама усисних цеви. Анализатори система подмазивања олакшавају праћење перформанси мотора и продужавају интервале замене уља. и најсавременији дизел мотор Mercedes карактерише директно убризгавање у комбинацији са турбо пуњачем и хлађењем ваздуха пуњења.