Мадэлі Mercedes Е-класа абсталяваны гідраўлічнай двухконтурнай тармазной сістэмай. У параўнанні з папярэдняй мадэллю, на перадпакоі і задняй восях Mercedes Е-класа ўсталяваныя тармазныя кружэлкі большага дыяметра.
Адмысловая ўвага канструктары надалі заднім тармазным кружэлкам. У мадэляў Е 200, Е 230 і дызельнага варыянту дыяметр задніх тармазных кружэлак павялічаны на 20 мм і складае 278 мм.
У 4-цыліндравых і дызельных мадэляў дыяметр перадпакояў тармазных кружэлак павялічыўся на 4 мм.
Былі таксама павялічаны высілак прыціску і пляц працоўнай паверхні перадпакояў тармазных калодак. Для 4-, 5- і 6-цыліндравых мадэляў Mercedes-Benz распрацаваў «плаваючыя» Седлападобныя тормазы, якія выкарыстоўваюцца на пярэдніх колах. На задніх колах засталіся цвёрдыя седлападобныя тормазы, якія забяспечваюць надзейнае тармажэнне абодвух колаў.
На ўсіх мадэлях Mercedes Е-класа серыйна ставіцца электронна-кіраваная антыблакіровачная сістэма (ABS).