Modely Mercedes triedy E sú vybavené hydraulickým dvojokruhovým brzdovým systémom. V porovnaní s predchádzajúcim modelom sú na prednej a zadnej náprave Mercedesu triedy E namontované brzdové kotúče s väčším priemerom.
Špeciálnu pozornosť venovali konštruktéri zadným brzdovým kotúčom. Pri modeloch E 200, E 230 a dieselovej verzii sa zväčšil priemer zadných brzdových kotúčov o 20 mm na 278 mm.
Pri 4-valcových a dieselových modeloch sa priemer predných brzdových kotúčov zväčšil o 4 mm.
Zväčšila sa aj prítlačná sila a pracovná plocha predných brzdových doštičiek. Pre 4-, 5- a 6-valcové modely vyvinul Mercedes-Benz «plávajúce» sedlové brzdy, ktoré sa používajú na predných kolesách. Zadné kolesá majú stále tuhé sedlové brzdy, ktoré zabezpečujú spoľahlivé brzdenie oboch kolies.
Všetky modely Mercedes triedy E sú štandardne vybavené elektronicky riadeným protiblokovacím brzdovým systémom (ABS).