Модели Mercedes Е-Класа је опремљена хидрауличним двокружним кочионим системом. У поређењу са претходним моделом, на предњој и задњој осовини Mercedes Уграђују се кочиони дискови Е-класе већег пречника.
Дизајнери су посебну пажњу посветили задњим кочионим дисковима. За моделе Е 200, Е 230 и дизел верзију, пречник задњих кочионих дискова је повећан за 20 мм на 278 мм.
За 4-цилиндричне и дизел моделе, пречник предњих кочионих дискова је повећан за 4 мм.
Такође је повећана сила притиска и радна површина предњих кочионих плочица. За моделе са 4, 5 и 6 цилиндара Mercedes-Benz развијена «плутајући» седласте кочнице, које се користе на предњим точковима. Задњи точкови и даље имају круте седласте кочнице, које обезбеђују поуздано кочење оба точка.
На свим моделима Mercedes Е-класа стандардно долази са електронски контролисаним системом против блокирања точкова (ABS).