Modelul E 240 este echipat cu un motor în V cu 6 cilindri, cu o cilindree de 2,4 litri și o putere de 170 CP. Motorul este succesorul versiunii cu 4 cilindri a lui E 230.
În 1997, gama de motoare din clasa E a fost complet revizuită. Rezultatul au fost modelele E 280 și E 320, echipate cu motoare în V cu 6 cilindri, primele exemple ale noii serii de motoare M 112. Aceste motoare au înlocuit vechile unități în linie cu 6 cilindri de aceeași cilindree. Puterea motoarelor V6 este de 204, respectiv 224 CP. Pentru comparație: motoarele în linie de același volum al clasei E din anul model 1996 aveau 193 și 220 CP. Caracteristica cuplului ambelor motoare în V este plată în intervalul 3000-5000 min-1, care vă permite să utilizați mai des treptele de viteză superioare, reducând turația motorului și, în consecință, consumul de combustibil. Pentru a reduce sarcina de vibrație a motorului în formă de V, a fost utilizat un arbore de echilibrare suplimentar. Utilizarea materialelor ușoare a făcut motoarele în V cu 25% mai ușoare decât motoarele în linie. Aceste motoare au fost primele care au prevăzut căptușe de cilindri din aliaj ușor, care oferă economii de combustibil datorită stratului de frecare redusă. Emisiile de substanțe nocive sunt reduse semnificativ datorită utilizării unei chiulase cu trei supape și a două bujii pe cilindru. Aceste măsuri au contribuit, de asemenea, la o reducere cu 9-13% a consumului de combustibil pentru E 280 în comparație cu predecesorul său.