Od lipca 1998 roku Klasa E posiada dwa modele z wtryskiem bezpośrednim: Mercedesa E 200 CDI oraz Mercedesa E 220 CDI, który zastąpił Mercedesa E 220. Od czerwca 1999 roku oba te silniki zaczęto produkować ze zwiększoną mocą. Ponadto uruchomiono produkcję Mercedesa E 270 CDI oraz Mercedesa E 320 CDI, który w sierpniu 1999 roku zastąpił Mercedesa E 300 D.
Modele samochodów Mercedes klasy E:
1. Z silnikami Diesla:
- Mercedes E 200 CDI, Mercedes E 220 D i Mercedes E 220 CDI - 4-cylindrowy;
- Mercedes E 250 D, Mercedes E 270 CDI i Mercedes E 290 TD - 5-cylindrowy;
- Mercedes E 300 D i Mercedes E 320 CDI - 6-cylindrowy.
2. Z silnikami benzynowymi:
- Mercedes E 200 i Mercedes E 230 - 4-cylindrowy, rzędowy;
- Mercedes E 240, Mercedes E 280 i Mercedes E 320 - 6-cylindrowy rzędowy i w kształcie litery V;
- Mercedes E 420, Mercedes E 430, Mercedes E 50 AMG i Mercedes E 55 AMG - 8-cylindrowy, w kształcie litery V.
W dziedzinie budowy silników Mercedes oferuje zaawansowaną technologię. Znane są tu już 3- i 4-zaworowe głowice cylindrów oraz w pełni elektroniczne sterowanie silnikiem. Różne fazy dystrybucji gazu są uzupełniane różnymi objętościami rur ssących. Analizatory układu smarowania ułatwiają monitorowanie osiągów silnika i wydłużają okresy pomiędzy wymianami oleju. A najnowocześniejszy silnik wysokoprężny Mercedesa jest wyposażony w bezpośredni wtrysk paliwa w połączeniu z turbosprężarką i chłodzeniem powietrza doładowującego.