Na życzenie klientów Mercedes-Benz wyprodukował również 3,0-litrowy 6-cylindrowy silnik wysokoprężny E 300 D, oznaczony na rynku krajowym jako OM 606. Model ten ma wymierne zalety ze względu na redukcję hałasu i wibracji. Dzięki temu hałas silnika w kabinie pasażerskiej E 300 D jest jeszcze niższy niż w modelu z 6-cylindrowym rzędowym silnikiem benzynowym.
Pod względem technicznym silnik wysokoprężny E 300 D odpowiada 4-cylindrowemu silnikowi wysokoprężnemu E 220 D (OM 604) o pojemności 2,2 litra, ale w większym stopniu - 5-cylindrowy silnik wysokoprężny E 250 D (OM 605): 4-zaworowa głowica cylindrów z komorą wstępną, sterowana elektronicznie, rzędowa pompa wtryskowa podłączona do magistrali CAN, 2-masowe koło zamachowe w modelach z manualną skrzynią biegów. Wał korbowy silnika 6-cylindrowego ma siedem łożysk głównych. Charakterystyczną cechą silnika wysokoprężnego E 300 D jest regulowany układ zasilania powietrzem, który stanowi trzystopniowa rura rezonansowa z ruchomymi amortyzatorami i długością zmieniającą się w zależności od prędkości. Długość ssania jest maksymalna przy niskich obrotach, kiedy wymagane jest optymalne doładowanie, i maleje wraz ze wzrostem mocy.
Podobnie jak w przypadku silników wysokoprężnych E 220 D i E 250 D, podobnie jak w przypadku E 300 D, analizator katalityczny zapewnia akceptowalną dla środowiska emisję spalin. Emisja szkodliwych substancji w 4-zaworowych modelach diesla jest mniejsza o jedną trzecią w porównaniu z 2-zaworowymi, co pozwala zmniejszyć toksyczność spalin o 20%.