Model E 240 jest wyposażony w 6-cylindrowy silnik widlasty o pojemności skokowej 2,4 litra i mocy 170 KM. Silnik jest następcą 4-cylindrowej wersji E 230.
W 1997 roku gama silników klasy E została gruntownie zmieniona. W rezultacie powstały modele E 280 i E 320, wyposażone w 6-cylindrowe silniki widlaste, pierwsze egzemplarze nowej serii silników M 112. Silniki te zastąpiły stare 6-cylindrowe jednostki rzędowe o tej samej pojemności skokowej. Moc silników V6 wynosi odpowiednio 204 i 224 KM. Dla porównania: silniki rzędowe o tej samej pojemności w klasie E z roku modelowego 1996 miały moc 193 i 220 KM. Krzywa momentu obrotowego obu silników widlastych jest płaska w zakresie 3000-5000 min-1, co pozwala częściej korzystać z wyższych biegów, zmniejszając prędkość obrotową silnika, a tym samym zużycie paliwa. Aby zmniejszyć obciążenie wibracyjne silnika w kształcie litery V, zastosowano dodatkowy wałek wyważający. Zastosowanie lekkich materiałów sprawiło, że silniki widlaste są o 25% lżejsze niż silniki rzędowe. Silniki te były pierwszymi wyposażonymi w tuleje cylindrowe ze stopów lekkich, które dzięki powłoce o niskim współczynniku tarcia zapewniają oszczędność paliwa. Emisja szkodliwych substancji jest znacznie ograniczona dzięki zastosowaniu trójzaworowej głowicy cylindrów i dwóch świec zapłonowych na cylinder. Działania te przyczyniły się również do zmniejszenia zużycia paliwa przez E 280 o 9-13% w porównaniu z jego poprzednikiem.