1998 júliusa óta az E-osztálynak két modellje van közvetlen befecskendezéssel: a Mercedes E 200 CDI és a Mercedes E 220 CDI, amely a Mercedes E 220-at váltotta fel. 1999 júniusától mindkét motort megnövelt teljesítménnyel kezdték gyártani. Emellett megkezdődött a Mercedes E 270 CDI és a Mercedes E 320 CDI gyártása, amelyek 1999 augusztusában váltották fel a Mercedes E 300 D-t.
A Mercedes E-osztályú autók modelljei:
1. Dízelmotorokkal:
- Mercedes E 200 CDI, Mercedes E 220 D és Mercedes E 220 CDI - 4 hengeres;
- Mercedes E 250 D, Mercedes E 270 CDI és Mercedes E 290 TD - 5 hengeres;
- Mercedes E 300 D és Mercedes E 320 CDI - 6 hengeres.
2. Benzinmotorokkal:
- Mercedes E 200 és Mercedes E 230 - 4 hengeres, soros;
- Mercedes E 240, Mercedes E 280 és Mercedes E 320 - 6 hengeres soros és V alakú;
- Mercedes E 420, Mercedes E 430, Mercedes E 50 AMG és Mercedes E 55 AMG - 8 hengeres, V alakú.
A motorgyártás területén a Mercedes csúcstechnológiát kínál. A 3 és 4 szelepes hengerfejek és a teljesen elektronikus motorvezérlés itt már ismerős. A különböző gázelosztási fázisokat különböző térfogatú szívócsövek egészítik ki. A kenési rendszer elemzői megkönnyítik a motor teljesítményének nyomon követését és az olajcsere intervallumok meghosszabbítását. A Mercedes legmodernebb dízelmotorja pedig közvetlen befecskendezéssel, turbófeltöltővel és töltőlevegő-hűtéssel kombinálva.