Od srpnja 1998. E-klasa ima dva modela s izravnim ubrizgavanjem: Mercedes E 200 CDI i Mercedes E 220 CDI, koji je zamijenio Mercedes E 220. Od lipnja 1999. oba ova motora počela su se proizvoditi s povećanom snagom. Osim toga, pokrenuta je proizvodnja Mercedesa E 270 CDI i Mercedesa E 320 CDI, koji su zamijenili Mercedes E 300 D u kolovozu 1999. godine.
Modeli automobila Mercedes E klase:
1. S dizelskim motorima:
- Mercedes E 200 CDI, Mercedes E 220 D i Mercedes E 220 CDI - 4-cilindrični;
- Mercedes E 250 D, Mercedes E 270 CDI i Mercedes E 290 TD - 5-cilindrični;
- Mercedes E 300 D i Mercedes E 320 CDI - 6-cilindrični.
2. S benzinskim motorima:
- Mercedes E 200 i Mercedes E 230 - 4-cilindrični, redni;
- Mercedes E 240, Mercedes E 280 i Mercedes E 320 - 6-cilindrični redni i u obliku slova V;
- Mercedes E 420, Mercedes E 430, Mercedes E 50 AMG i Mercedes E 55 AMG - 8-cilindrični, u obliku slova V.
U području izgradnje motora Mercedes nudi visoku tehnologiju. Glave cilindra s 3 i 4 ventila i potpuno elektroničko upravljanje motorom ovdje su već poznati. Različite faze distribucije plina nadopunjuju se različitim volumenima usisnih cijevi. Analizatori sustava podmazivanja olakšavaju praćenje performansi motora i produžuju intervale izmjene ulja. A Mercedesov najsuvremeniji dizelski motor ima izravno ubrizgavanje u kombinaciji s turbopunjačem i hlađenjem zraka za punjenje.