Па жаданні замоўцаў Mercedes-Benz выпускаў таксама і 6-цыліндравы дызельны рухавік Е 300 D аб'ёмам 3,0 л, пазначаны на ўнутраным рынку як ОМ 606. Дадзеная мадэль валодае адчувальнымі перавагамі дзякуючы зніжэнню шумоў і вібрацыі. Так, шум ад працы рухавіка ў салоне аўтамабіля ў мадэлі Е 300 D нават ніжэй, чым у мадэлі з бензінавым рядным 6-цыліндравым рухавіком.
Тэхнічна дызель Е 300 D адпавядае 4-цыліндраваму дызельнаму рухавіку Е 220 D (ОМ 604) абёмам 2,2 л, але ў большай ступені 5-цыліндраваму дызелю Е 250 D (ОМ 605): 4-затамкавая галоўка цыліндраў з форкамерай, электронна-кіраваны, злучаны з CAN-шынай радны ТНВД, 2-масавы махавік у мадэляў з механічнай каробкай перадач. Каленчаты вал 6-цыліндравага рухавіка мае сем карэнных падшыпнікаў. Адметнай рысай дызеля Е 300 D з'яўляецца рэгуляваная сістэма сілкавання паветрам, уяўлялая сабой трохступеністую рэзанансную трубу з рухомымі засланкамі і змянянай у залежнасці ад ліку абарачэнняў даўжынёй. Даўжыня ўсмоктвання максімальная пры нізкім ліку абарачэнняў, калі патрабуецца забяспечыць аптымальны наддуў, і памяншаецца пры павелічэнні магутнасці.
Як у дызеляў Е 220 D і Е 250 D, так і ў Е 300 D каталітычны аналізатар забяспечвае па-экалагічнаму дапушчальны выкід адпрацаваўшых газаў. Эмісія шкодных рэчываў у 4-затамкавых дызельных мадэляў менш на адну траціну ў параўнанні з 2-затамкавымі, гэта дазваляе зменшыць таксічнасць якія адпрацавалі газаў на 20%.